Depuis la découverte, des mesures ont été mises en place pour préserver la grotte de l'Aguzou ; en voici les principales :

• La pose de portes à l'entrée. Dans une cavité aussi fragile, il faut absolument contrôler l' entrée et ce, de façon très stricte. C'est pourquoi des portes solides ont été mises en place dès la découverte. Ces fermetures ont un double but : tout d'abord, empêcher que des intrus, des pilleurs, des collectionneurs pénètrent dans la caverne et ensuite éviter la surfréquentation : néophytes de clubs spéléologiques, centres de vacances et de loisirs, etc.

• La limitation de l'accès. L'action involontaire de l'homme dans le milieu est loin d'être négligeable : en effet, il est capable de déstabiliser l'environnement souterrain. L'homme respire : absorbe de l'oxygène, rejette du gaz carbonique et de la vapeur d’eau, produit de la chaleur ; il transporte aussi des germes, des bactéries qui, introduits dans la grotte, peuvent être à l'origine de réactions biochimiques intervenant dans les processus d’altération. En conséquence, le nombre maximum de visiteurs toléré par jour est de 24, réparti en deux groupes de 12 personnes.

• L’accompagnement des visiteurs. Comme dans beaucoup de grottes fragiles, les visites sont encadrées. Dans le cas de la grotte de l'Aguzou, des guides diplômés assurent l'accompagnement du public. Dans les cavités remarquables, plusieurs dizaines d'années d'expérience ont confirmé ce constat : là où les visites sont libres, il y a des souillures et des dégradations, alors que dans le cas où les visites sont encadrées par des personnes compétentes, il n'y a quasiment rien à signaler. Toutes les galeries ne sont pas visitables, car trop fragiles ou trop difficiles d'accès en particulier les parties profondes situées après la Grande Salle.

• La pose d'un balisage au sol. Un premier balisage a été installé dès la découverte dans les endroits les plus sensibles. Un deuxième, plus visible, a été posé en 1988 en complément. Matérialisé au sol par deux fines bandes, il permet de cheminer au même endroit afin de ne salir qu'une partie de la cavité. La pose de ce balisage est le moyen le plus efficace et le plus simple découvert à ce jour.

• L’amélioration et la sécurisation de la progression. La grotte de l'Aguzou est une cavité facile qui ne présente pas de difficulté majeure. Néammoins, des passages ont été équipés en fixe (cordes et câbles en mains-courantes, échelles) pour assurer la sécurité mais aussi faciliter la progression lors des visites. Des casques, éclairages électriques et longes, répondant aux normes en vigueur, sont fournis aux visiteurs. Des mesures ont été prises avec la protection civile du département et le Spéléo-Secours Français en cas d'éventuel accident.